H ψυχαναλυτική ψυχοθεραπεία έχει θεωτητική βάση τις αρχές της ψυχανάλυσης του Freud και έπειτα την θεωρία όπως την εξέλιξαν οι νεο-φρουδικοί (Bion, Klein, Winnicott κ.α.).
Η ψυχανάλυση μελετά το ασυνείδητο για το οποίο δεν έχουμε επίγνωση αλλά διαμορφώνει τα συναισθήματα για τον εαυτό μας και τους άλλους. Τα παιδικά τραύματα ζουν εκεί ολοζώντανα καθώς και η τραυματισμένη μας εικόνα. Το τραύμα διαμορφώνει την αίσθηση για τον εαυτό και τον κόσμο καθώς και τις άμυνες προκειμένου ο οργανισμός να επιβιώσει ψυχικά.
Το σύμπτωμα (όπως άγχος και κατάθλιψη) φέρει μία ιστορία. Αποτελεί τον συμβιβασμό ανάμεσα στην επιθυμία και την απαγόρευση. Ο κόσμος των ενορμήσεων μπλοκάρεται από τον κόσμο των κανόνων.
Η ψυχαναλυτική ψυχοθεραπεία έχει ως εργαλεία τον ελεύθερο συνειρμό και την ερμηνεία. Ο θεραπεύομενος αφήνεται στις σκέψεις του ώστε να ανακαλύψει τα ασυνείδητα κίνητρα της συμπεριφοράς του και έτσι να έχει επίγνωση του εαυτού και της συμπεριφοράς του. Η αποδοχή και επεξεργασία των παιδικών τραυμάτων και καθηλώσεων βοηθά τον θεραπεύομενο να αποκτήσει μία νέα ερμηνεία και οπτική για την ψυχική του πραγματικότητα και τον κόσμο. Στόχος είναι ο θεραπεύομενος να αποκτήσει μία ισορροπημένη εικόνα τόσο για τον εαυτό του όσο και για τους άλλους ώστε να ζει με εσωτερική ειρήνη.
Η θεραπευτική σχέση είναι σημαντικό κομμάτι της θεραπείας αυτής καθώς αποκαλύπτονται τα μοτίβα σχέσεων που επαναλαμβάνει ο θεραπεύομενος με βάση τα πρώτα σημαντικά πρόσωπα στην ζωή του ως παιδί. Ο θεραπεύομενος παλινδρομεί για να δει τις ανεκπλήρωτες ανάγκες του και πως ως ενήλικας τις διαχειρίζεται. Ο θεραπευτής καλείται να είναι ένα σταθερό, φροντιστικό και αξιόπιστο πρόσωπο για τον θεραπεύομενο ως μία επανορθωτική σχέση τηρώντας τα απαιτούμενα όρια της θεραπευτικής σχέσης. Η αποδοχή και ενσυναίσθηση επίσης είναι βασικά στοιχεία στην θεραπευτική σχέση.